Aliti absolvierte seine fussballerische Ausbildung bei Concordia Basel, dem FC Basel 1893 sowie dem BSC Old Boys. Weitere Stationen des Abwehrspielers waren der FC Luzern, der FC Sheriff Tiraspol, Slaven Belupo Koprivnica sowie der KF Skënderbeu.
Anfang Oktober 2020 wechselte Aliti leihweise vom schwedischen Kalmar FF zum Stadtclub und wurde Anfang März 2021 definitiv übernommen. Seither absolvierte der 40-fache kosovarische Nationalspieler 67 Pflichtspiele für den FC Zürich und erzielte dabei drei Treffer sowie einen Assist.