Rohner wechselte mit zehn Jahren vom SV Höngg in die FCZ Academy und durchlief dort seit 2009 alle Stufen. Anfang 2017 unterzeichnete das Eigengewächs seinen ersten Profivertrag beim Stadtclub und absolvierte seither 83 Pflichtspiele für den FC Zürich, wobei er während der Saison 2019/2020 an den FC Wil 1900 ausgeliehen war. Für den Stadtclub erzielte Rohner bislang acht Tore und sieben Assists.
Marinko Jurendic, Sportchef beim FCZ, kommentiert die Vertragsverlängerung wie folgt: «Fabian hat sich in den vergangenen Jahren zu einem wertvollen Kaderspieler entwickelt. Dank seiner Schnelligkeit und Dynamik ist er in unserem Offensivspiel variabel einsetzbar. Wir freuen uns sehr, dass wir mit der Vertragsverlängerung die vertrauensvolle Zusammenarbeit bekräftigen und den Weg beim FCZ weitergehen.»