Der 22-jährige zentrale Mittelfeldakteur absolvierte einen Grossteil seiner fussballerischen Ausbildung in der FCZ Academy und unterschrieb im Juli 2020 seinen ersten Profivertrag beim FC Zürich. Bevor Seiler Ende August 2022 an den FC Winterthur ausgeliehen wurde, bestritt er 36 Pflichtspiele für den Stadtclub, wobei er einen Treffer sowie zwei Assists erzielte. Bei Winterthur kam er in neun Pflichtpartien zum Einsatz und markierte dabei ein Tor.
Der FC Zürich wünscht Stephan Seiler weiterhin viel Erfolg.